环绕中央第三专项巡视组对环保部意见反馈时认为水专项资金监管不存在的问题，环保部近期对水专项展开了评估检查。水专项实行管理办公室主任、环保部副部长吴晓青在3日开会的水专项视察排查实施暨廉政建设前进会上明确提出，要严苛水专项资金监管，尤其是要严苛实施项目课题分担单位法人负责制，怠于遵守监管职责的分担单位，将被坦率追究责任。水体污染掌控与管理科技根本性专项（全称水专项）是我国根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）》成立的根本性科技专项之一，目的为中国水体污染掌控与管理获取强有力的科技承托，是新中国正式成立以来投放仅次于的环保科研项目，实行覆盖面大、周期长。

环保部经过近期评估检查，发布了《关于水体污染掌控与管理科技根本性专项2014年度中期评估和年度检查情况的通报》。其中通报认为，被评估课题不存在任务已完成情况与经费执行率不给定，部分课题样板工程进展较慢、技术创新严重不足、的组织管理不力、专项经费执行率偏高、专项经费开支不合理等问题。吴晓训说道，一个多月来，水专项办公室按照中央巡视组和环保部拒绝，采行了一系列措施严肃展开排查。环保部会同住建部印发了《水专项廉政规定》和《水专项专家组工作规则》，近日还将公布强化水专项样板工程管理的若干意见，创建廉政防线，并更进一步增大信息公开发表力度。

吴晓青特别强调，水专项要以承托水污染防治行动计划为重点，以管理市场需求为导向，构成权责清晰、上下协商、运转高效的立项会商机制；以保证资金安全性为目标，创建分工具体、分级负责管理的资金监管体系；以绩效考核为手段，创建评审评估专家责任倒查追究责任机制；以规范管理为目的，完善项目课题分担单位甄选机制；以创意驱动发展为机车，完善水专项成果生产量评价与应用于机制。

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